În 2006, Ilie Botoş şi-a dat demisia din funcţia de procuror general în contextul scandalului provocat de fuga lui Hayssam Omar.
În 2007, Băsescu l-a înaintat pe Botoş la gradul de general de brigadă cu două stele.
Potrivit unor surse militare, Botoş ar fi fost şi locţiitor al comandantului serviciilor secrete militare, informatie apărută în Cotidianul.ro.

